주택임대사업자 의무임대기간이 끝났다면, 임대주택 부기등기를 말소해야 한다. 지자체 등록이 말소되었다고 해서, 등기부상의 부기등기가 자동으로 지워지지는 않기 때문이다. 부기등기 말소 절차를 진행하기 위해 사전에 다음 2가지를 준비해야 한다.
임대사업자 등록 말소
세금·수수료 납부 : 영수증 수령
지자체(주택소재지 관할)이나 렌트홈 홈페이지에서 임대사업자 말소신고(자진·자동)를 완료한 후, <임대사업자 등록 말소 확인서>(내지 말소사실이 기재된 등록증)를 발급받는다. 등록면허세·지방교육세를 위택스(Wetax, 서울 ETAX)에서 신고·납부한 뒤, 등록면허세 영수필 확인서를 출력한다. 등기신청수수료는 대법원 인터넷등기소에 납부한다. 2026년 기준 등록면허세 6,000원, 지방교육세 1,200원, 등기신청수수료(인터넷) 1,000원이다. 부기등기 말소방법은 다음 2가지가 있다.
방문신청 : 등기소(주택소재지 관할) 직접 방문
전자신청 : 인터넷 이용
방문신청에 필요한 서류는 다음과 같다
부기등기 말소 신청서 : 등기소 비치
임대사업자 등록말소 확인서(내지 말소내역이 기재된 등록증 원본)
등록면허세 영수필 확인서
등기신청수수료 영수필 확인서
신분증 및 도장
전자신청도 사용자등록(전자신청 로그인 계정 생성)이 필요한데, 사용자등록은 사전에 등기소를 방문해야 가능하다. 결국 등기소를 한번은 가야 한다.
전자신청 로그인 : 대법원 인터넷등기소
메뉴 이동 : 등기신청 > 부동산 > 전자신청하기
신청서 작성화면에서 대상 부동산을 입력하고, 등기원인에 <임대사업자 등록 말소>와 말소 처리된 날짜를 입력한다. 등록면허세 확인번호와 등기신청수수료 납부 정보를 연계하여 입력한 후, 첨부서류를 스캔·업로드한다. 이후 공인인증서로 서명하여 제출한다.
부기등기 말소와는 무관하더라도, 등록임대사업 종료 후에는 사업자등록(세무서)도 정리해야 한다. 국세청 전산에는 <부가가치세 면세사업자>로 계속 남아 있기 때문이다. 향후 세무서에서 관련서면(면세사업자 현황신고, 종합소득세 신고의무 등)이 계속 송달된다. 등록임대사업 종료 후 매도계획이 있다면, 폐업신고 시기를 매도계약이 끝난 후에 하는 것도 고려할 필요가 있다. 매도시점까지는 임대수입에 따른 종합소득세 신고와 양도소득세 필요경비 처리가 있을 수 있다. 사업자등록을 폐지하면 안 되는 경우도 있다. 매도하려는 임대주택이 비아파트(오피스텔·상가주택)인 경우, 매수인과 <사업자 포괄 양도·양수> 형태의 계약을 할 수도 있다.
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