금감원 내에는 다음의 주요부서가 있는데, 일반인의 시각에서는 큰 차이를 느낄 수 없다.
감독 : 금융제도
조사 : 불공정거래(개인)
검사 : 금융기관
감독국은 금융위원회와 함께 금융제도를 관리·개선하는 부서로, 2개국(자본시장감독국·자산운용감독국)이 있다. 감독국은 증권사·운용사(부동산신탁사 포함)의 사업인가권을 가지면서 자본비율을 규제한다. 조사국은 불공정거래를 한 개인을 대상으로 하는데, 쉽게 개인을 상대로 하는 검사국이라 할 수 있다. 불공정거래는 미공개정보 이용, 시세조종, 부정행위 등이 있다. 금감원 내에서 전문지식을 쌓는데 한계가 있어서, 조사국은 회계국과 함께 비선호 부서로 분류되고 있다.
검사국은 금융회사로 현장점검을 나가서 자료를 확보·분석하여 문제를 발견하는 부서로, 세간에 흔히 알려진 부서이다. 이복현 금감원장 취임 이후 검사국의 업무강도가 크게 증가했다. 2023년 이후 수시검사·정기검사 횟수가 증가하고 있으며, 크고 작은 성과도 많았다. 하지만 금감원 내에서는 검사국을 선호하지 않는 경향도 나타난다고 한다. 형사소송법에서는 고소·고발은 규정하고 있지만, 수사의뢰에 관한 내용은 없다. 개별법(공직선거법·정치자금법 등)에서는 수사의뢰라는 표현이 명시되어 있으며, <금융기관 검사 및 제재에 관한 규정 시행세칙>에서는 고발과 수사의뢰의 기준을 정하고 있다.
고소는 형사소송법에 따라 범죄로 인해 피해를 입은 자 또는 그와 일정한 관계가 있는 사람들이 수사기관에 범죄사실을 신고하고 처벌을 구하는 행위이다. 반면 고발은 범죄의 피해자가 아닌 제3자가 범죄행위라고 생각되는 사건을 수사기관에 신고하고 처벌을 구하는 행위이다. 사회적·경제적 물의가 상대적으로 크거나 위법성의 정도가 심하다고 인정되고, 위법성·고의성 등 범죄사실에 관하여 증거자료, 관련자의 진술 등 객관적인 증거를 확보한 경우에는 수사당국에 고발한다.
사회적·경제적 물의가 상대적으로 경미하거나 위법성·고의성의 혐의는 충분하나, 검사권의 한계 등으로 객관적인 증거의 확보가 어렵다고 인정되는 경우에는 수사당국에 통보한다. 금감원의 수사의뢰는 이러한 통보규정에 기반하고 있으며, <검찰수사규칙>에서는 조사사건으로 분류된다. 다만 개인·단체의 수사의뢰는 수사기관에서 진정·탄원 수준으로 바라본다고 한다. 유관기관에서도 증거부족 등으로 고발할 정도가 되지 못한 사안에 대해서 실무적으로 유연하게 활용하는 것이 수사의뢰이다.
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