등록임대주택 양도차액 안분(임대사업기간·일반기간)은 시점별 공시가격 비율로 하게 된다. 양도세 혜택(중과 배제)은 말소유형(지동·자진)에 따라 구분되는데, 여기서 자진말소도 민특법상 의무임대기간의 1/2 이상 임대해야만 한다.
자동말소(기간제한 없음) : 말소일 이후 일반과세
자진말소(기간제한 있음) : 말소일로부터 1년 이내
말소일(자동·자진)로부터 5년 이내 매도시에는 거주주택 양도세 비과세 혜택이 있는데, 자진말소는 민특법상 의무임대기간의 1/2 이상 임대한 경우에만 가능하다. 과거에는 거주주택 양도세 비과세 혜택을 받기 위해서는 말소일 이후라고 하더라도 5% 이내 인상의무와 임대유지 의무를 준수해야 했었는데, 이는 유권해석(기재부)에 따라 적용되지 않게 되었다.
일반적으로 거주주택의 양도차액이 임대주택의 양도차익보다 크지만, 그 반대의 경우도 있을 수 있다. 임대주택의 양도차액이 거주주택의 양도차익보다 큰 경우에는, 거주주택 비과세를 받지 않는 것이 유리하다. 거주주택 비과세 적용을 받은 기간 만큼에 대해서는, 임대주택 비과세를 해주지 않기 때문이다. 거주주택은 비과세 요건이 충족되었다면, 자동적으로 비과세 적용된다. 심지어 양도차익이 없는 경우에도, 비과세 카드를 쓴 것으로 간주된다. 소득법시행령 제155조(1세대1주택의 특례) 제20호에 거주주택 양도세 비과세 조항이 있는데, 거주주택 비과세를 받지 않으려면 다음의 방법을 선택해야 한다.
거주주택 2년 미만 거주
사업자등록 폐업 : 세금추징
임대료 5% 제한 위반 : 과태료·세금추징
임대사업자 등록 말소 : 과태료·세금추징
임대사업자 공실
임대사업자 말소(자진·자동) 후 5년 도과 후 매도
지금은 거주주택 비과세가 무제한으로 변경되어, 다주택자는 비과세를 여러번 받을 수 있다. 이 경우 남아 있는 주택에 대한 비과세는 기존의 비과세 혜택을 받은 기간합계를 제외한 구간이다. 비록 임대주택 구입시에 조정지역이 아니었다고 하더라도, 2주택자의 임대주택 비과세(임대사업기간 외)를 받기 위해서는 거주요건이 필요하다. 임대주택의 임대사업기간이 종료된 경우에도, 임대사업 외 기간에 대해 비과세를 받기 위해서는 거주요건(2년)이 충족되어야 한다. 거주시점 기준도 임대주택 취득시점이 아닌, 임대사업자·사업자 등록일 이후의 거주기간만 인정한다.
임대사업자 관련한 정보는 워낙 복잡하다 보니, 의사결정 전에 국세청·기재부에 관련사항들을 확인해야 한다. 다음의 방법이 거주주택을 과세대상으로 만드는 가장 확실한 방법이지만, 문제는 장시간이 요구된다는 것이다.
임대사업자 말소 후, 임대주택 5년 이상 보유
임대주택을 매도했더라도, 잔여 임대주택이 폐지(자동말소) 대상
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